Revisando el tema de envíos de correos cuando se realiza una compra desde woocommerce se identificó por qué en ocasiones el correo no sale, a continuación la explicación:
No los envía por que cuando se hace una compra con epayco o cualquier plataforma de pago hasta que no se envié la confirmación del pago woocommerce no procesa la notificación del pedido, se realizó la prueba con el medio de pago contra reembolso y automáticamente envía el correo por que no necesita procesar el tema del pago.
“La pasarela de pago no procesa automáticamente los pedidos, y debido a ello, como no hay ningún pedido efectivo, WordPress/WooCommerce no envía ningún email porque, simplemente, no hay ningún pedido completo del que informar, ni a tí ni a tu cliente.
Esto sucede normalmente con los pagos mediante Paypal y Transferencia bancaria, que por defecto requieren confirmación manual por tu parte de que se han procesado y completado los pagos para que el pedido sea efectivo.
Para eso debes comprobar primero si el estado de los pedidos es En espera o Procesando, en cuyo caso no se mandarán los emails de turno”.
https://ayudawp.com/woocommerce-no-manda-emails-que-hago/
Nota: para evitar que el correo de los pedidos se envían al spam se recomienda instalar el plugin WP Mail Smtp en el siguiente link encontrará las instrucciones para ser configurado. https://soporte.dongee.com/es/articles/3524702-configurar-envio-de-correos-en-wordpress